Cửu Trại Câu bao gồm 3 thung lũng xếp theo hình dạng chữ Y. Nhật Tắc Câu và Tắc Tra Oa Câu là hai thung lũng chạy từ phía nam gặp nhau ở trung tâm của khu vực, cũng là nơi bắt đầu của Thụ Chính Câu chạy về phía bắc.

Nhật Tắc Câu

Nhật Tắc Câu (日則溝, bính âm: Rìzé Gōu) là thung lũng dài 18 km, nhánh phía tây của Cửu Trại Câu. Đây là nơi rộng nhất và thường được thăm đầu tiên. Từ đầu của thung lũng, đi xuống dốc sẽ đi qua các địa điểm:

• Rừng nguyên sinh (原始森林, Yuánshǐ Sēnlín, Hán Việt: Nguyên Thủy Thâm Lâm): Nó đối diện với một khung cảnh ngoạn mục của các ngọn núi xung quanh và những vách đá, bao gồm cả Kiếm Nham (剑岩, Jiàn Yán) là khối đá hình lưỡi kiếm cao 500 mét.
• Hồ Thiên Nga (天鵞海, Tiān'é Hǎi, Hán Việt: Thiên Nga Hải)
• Hồ Cỏ (草海, Cǎo Hǎi, Hán Việt: Thảo Hải) là một hồ nước cạn được bao phủ bởi nhiều loại thực vật khác nhau.
• Hồ Tiễn Trúc (箭竹海, Jiànzhú Hǎi, Tiễn Trúc Hải) có diện tích 170.000 m², là một hồ nước cạn có độ sâu 6 mét. Nó nằm ở độ cao 2.618 mét và là một địa điểm được sử dụng trong bộ phim Anh hùng.
• Hồ Gấu Trúc (熊貓海, Xióngmāo Hǎi) là hồ có những họa tiết màu sắc kỳ lạ của màu xanh lam và màu xanh lá cây. Gấu trúc lớn được cho rằng đã đến hồ này để uống nước, mặc dù có không nhìn thấy cảnh đó trong nhiều năm. Hồ nước đổ vào thác Gấu Trúc với 3 tầng thác cao 78 mét.
• Hồ Ngũ Hoa (五花海, Wǔhuā Hǎi) là một hồ nước nhiều màu cạn, dưới đáy là những thân cây cổ đổ nát.
• Bãi cạn Trân Châu (珍珠灘, Zhēnzhū Tān) Là một khu vực dốc có hoạt động lắng đọng đá vôi với dòng chảy nhẹ đổ vào thác nước nổi tiếng, Thác Trân Châu có độ cao 28 mét, rộng 310 mét. Đây là nơi có cảnh quay trong bộ phim truyền hình Tây du ký.
• Hồ Gương (鏡海, Jìng Hǎi) là một hồ nước có hiện tưởng phản xạ ánh sáng tuyệt đẹp từ môi trường xung quanh khi nước yên tĩnh.

Tắc Tra Oa Câu

Tắc Tra Oa Câu (則查窪溝, Zécháwā Gōu) là nhánh phía đông nam của Cửu Trại Câu. Nó có độ dài tương tự như Nhật Tắc Câu, tức là khoảng 18 km nhưng cao hơn (3150 mét ở Trường Hải hay Hồ Dài). Đi xuống dốc từ điểm cao nhất của thung lũng, có những địa điểm sau đây:

• Trường Hải (長海, Cháng Hǎi) là hồ có hình lưỡi liềm, là hồ lớn nhất và sâu nhất tại Cửu Trại Câu, với chiều dài đo được là 7,5 km (5 dặm) và sâu tới 103 mét. Nước của nó được cho là không từ bất cứ một con sông nào, mà nó nhận nước từ tuyết tan trên các đỉnh núi và mất đi bởi thẩm thấu. Theo văn hóa dân gian địa phương, hồ là nơi có quái vật.
• Hồ Ngũ Thái (五彩池, Wǔcǎi Chí) là một trong những hồ nhỏ nhưng ngoạn mục nhất trong số các hồ tại Cửu Trại Câu. Mặc dù có kích thước và độ sâu rất khiêm tốn nhưng hồ có một cảnh sắc đa dạng với một số chỗ trong, rõ ràng nhất.
• Hồ Quý Tiết (季節海, Jìjié Hǎi) là một loạt ba hồ (Hạ, Trung, Thượng) dọc theo con đường chính thay đổi cảnh sắc theo mùa trong năm.

Thụ Chính Câu

Thụ Chính Câu (樹正溝, Shùzhèng Gōu) là nhánh ở phía bắc của Cửu Trại Câu. Nó dài 14,5 km (9 dặm). Đi xuống dốc từ thung lũng sẽ bắt gặp:

• Thác nước Nặc Nhật Lãng (諾日朗瀑布, Nuòrìlǎng Pùbù) gần điểm giao nhau của các thung lũng. Đây là thác nước cao 20 mét và rộng 320 mét. Theo báo cáo thì đây là thác nước lớn nhất vùng cao nguyên của Trung Quốc, thác nước đá vôi rộng nhất thế giới và là một trong những biểu tượng của Cửu Trại Câu.
• Các hồ Nặc Nhật Lãng (諾日朗群海, Nuòrìlǎng Qúnhǎi) và Thụ Chính (樹正群海, Shùzhèng Qúnhǎi) lần lượt bao gồm 18 và 19 hồ băng được hình thành bởi sự di chuyển của sông băng. Mỗi hồ đều có một tên dân gian như Hồ Tê Giác, Hồ Vô Danh, Hồ Hổ,...
• Hồ Ngọa Long (臥龍海, Wòlóng Hǎi) là một trong các hồ nằm ở độ cao thấp hơn trong khu vực. Với độ sâu 20 mét, nó có một con đê đá vôi rõ ràng chạy qua, có hình dạng đã được so sánh với một con rồng nằm ở phía dưới.
• Hồ Lư Vi (蘆葦海, Lúwěi Hǎi) là một đầm lầy có chiều dài 1375 mét với dòng suối xanh ngọc rõ ràng hình zig-zac được che phủ bởi tán lau sậy. Sự tương phản đặc biệt nổi bật trong mùa thu khi lau sậy chuyển sang màu vàng.

Khu vực khác

• Hồ Thần Tiên (神仙池, Shénxiān Chí) nằm cách 42 km (26 dặm) về phía tây Cửu Trại Câu với các tính năng hình thành đá vôi khiến hồ rất giống với cảnh quan của Khu bảo tồn thiên nhiên Hoàng Long gần đó.